От месец в Пирогов функционира обновената денонощна клинична лаборатория на университетската болница. Тя работи 24 часа, както по НЗОК, така и платено. Освен всички изследвания, които са обект на клиничната лаборатория, се извършва и денонощно изследване за лекарства и опиати.
24 часа в денонощието изледванията се извършват с оригинални реактиви и с една от най-добрите апаратури в света Beckman Coulter, с която работят съвсем малко лаборатории у нас.
Клиничната лаборатория се намира на на партерния етаж на Пирогов, на който е и Спешното отделение.