Изпълнителният директор се определя от Министъра на здравеопазването - принципал на УМБАЛСМ "Н. И. Пирогов" ЕАД, след конкурс за срок от три години.

Изпълнителният директор управлява лечебното заведение при спазване разпоредбите на Закона за лечебните заведения, Търговския закон и други действащи в страната закони и подзаконови актове, които имат отношение към медицинската, икономическата и научно-учебната дейност на болницата.

В своята дейност Изпълнителният директор се подпомага от Зам. изпълнителен директор по организационната и лечебна дейност, Зам. изпълнителен директор по по научната дейност, Директор дирекция "Административни дейности", Директор дирекция "Икономически дейности", Главна медицинска сестра, координатори на специализирани болнични комплекси, началници на клиники, самостоятелни отделения, лаборатории и началниците на отделите в административната част.