Цялостната дейност на УМБАЛСМ "Н. И. Пирогов"ЕАД се ръководи от Съвет на директорите, в чийто състав член е и Изпълнителния директор. Съветът на директорите осъществява своята дейност в съответствие с приетите от него Правила за работа.