Вродените аномалии са в повечето несъвестими с живота състояния, чието лечение изисква висококвалифицирана оперативна намеса.

Клиниката по детска хирургия разполага с изявени специалисти и необходимия материален ресурс за извършване на всички видове оперативни намеси, коригиращи вродени аномалии:

-          атерзия на хранопровода

-          дуоденална атрезия/стеноза

-          тънко- или дебелочревна атрезия/стеноза

-          болест на Hirschsprung

-          вродена диафрагмална херния

-          малформации на жлъчните пътища

-          сакрококцигеални тератоми

-          омфалоцеле/лапаросхиза

Следоперативните резултати и смърност, реализирани в клиниката, са съизмерими с тези на водещи детскохирургични клиники.