ИБМП "Н.И.Пирогов" е създаден по подобие на Институтите "Н.В.Склифософскии" в Москва и "Ю.Ю.Джанелидзе" в Петербург. Основната идея е била да се създаде един център на спешната медицинска помощ за цялата страна. Първият главен лекар е бил д-р Ангел Симеонов /1951 - 1953 г./, завеждащи отделения - д-р Димитър Панайотов, д-р Йонко Стоянов, д-р Антон Иванов и главен хирург професор д-р Алберт Луканов.

В създаването на Институт "Пирогов", като специализирано здравно заведение с такъв профил и организация на работа за столицата и страната, важно участие вземат здравният отдел при Столичния градски народен съвет и лично началникът му д-р Петрана Кондова.

След д-р Симеонов, главен лекар е д-р Деветаков /1953 - 1958 г./, а в периода 1958 - 1965 г - д-р Хр.Здравков.

През първото десетилетие / 1951 - 1960 г./ базата на Института се разширява чрез надстройка на основната болнична сграда /сегашните вътрешни клиники/, ремонт на складови помещения, ремонт на административната сграда на БЧК. По този начин към края на 1960 г. Институтът за БМП разполага с 400 легла, от тях 300 хирургични.

През 1960 г. се създава научна група от 16 научни сътрудници, започва издаването на научните трудове на Института, които излизат ежегодно в продължение на 30 години. През 1993 г. вместо тях започва да се издава списание "Спешна медицина".

В края на първото десетилетие Институт "Пирогов" преминава на денонощен режим на работа. За първите 10 години в стационарите са лекувани 81 451 болни. В лабораториите са обслужени 344 452 болни.

Животът и практиката утвърждават необходимостта от спешна специализирана медицинска помощ. Това довежда до по-нататъшно развитие на Института.

През 1963 - 1964 г. завършва строежът на новата 11 етажна сграда, модерна за времето си. Редица клиники се развиват като републикански методични центрове: катедра по спешна хирургия, клиника по изгаряне, клиника по остри отравяния, клиника по детска хирургия, клиника по гнойно-септична хирургия.

От 1965 до 1978 г. за Директор на Института е назначена д-р Петрана Кондова. Тя е личността, която със своя авторитет в управляващите тогава среди е изиграла важна роля както при създаването, така и за по-нататъшното развитие и утвърждаване на ИБМП "Н.И.Пирогов".

В края на 1971 г. т.е. 20 години след създаването му, Институтът има разкрити 850 легла и 1 525 души персонал, от които 167 лекари, 70 научни кадри, 596 средни медицински кадри. За една година в стационара се лекуват 23 000 болни, обслужените в амбулаторията са 190 000.

През 1970 г. ИБМП "Н.И.Пирогов" е преименуван в Републикански научно-практически институт за спешна медицинска помощ /РНПИСМП/ "Н.И.Пирогов" и преминава на директно подчинение на Министерството на здравеопазването. Това е качествено нов етап в утвърждаване на Института в национален мащаб.

През следващото десетилетие (1970 - 1980 г.), продължава развитието на материално-техническата база. Построяват се нови сгради за Клиника по неврохирургия (1976 г.), Клиника по термична травма (1976 г.), Клиника по урология (1979 г.).

От 1978 до 1989 г. Директор на РНПИСМП "Н.И.Пирогов" е проф.д-р Манол Ванев - генерал-майор от БНА.

От 1989 до 1991 г. Директор на НИСМ "Н. И. Пирогов" е доц. д-р Георги Каменов.

От 1991 до 1992 г. Директор на НИСМ "Н. И. Пирогов" е проф. д-р Милан Миланов.

От 1992 до 1997 г. Директор на НИСМ "Н. И. Пирогов" е проф. д-р Емил Таков

От 1997 до 2000 г. Директор на УМБАЛСМ "Н.И. Пирогов" е проф. д-р Георги Златарски

От 2000 до 2008 г. Директор на УМБАЛСМ "Н.И. Пирогов" е проф. д-р Спас Пасков

От 2008 до 2011 г. Директор на УМБАЛСМ "Н.И. Пирогов" е проф. д-р Димитър Раденовски

От 2011 до 2017 г. Директор на УМБАЛСМ "Н.И. Пирогов" е проф. д-р Стоян Миланов

От 2017 до 2021 г. Директор на УМБАЛСМ "Н.И. Пирогов" е проф. д-р Асен Балтов.

От м. юли 2021 г. до юли 2022 г.  Директор на УМБАЛСМ "Н.И. Пирогов" е проф. д-р Иван Поромански

От юли 2022 г. до момента Директор на УМБАЛСМ "Н. И. Пирогов" е д-р Валентин Димитров